Seit dem 6. März 2002 ist der Profifußballbereich (Erste Mannschaft, U21, U19 und U17) in die 1. FC Köln GmbH & Co. KGaA ausgegliedert. Der eingetragene Verein hält 100 Prozent des Stammkapitals (2,5 Mio. Euro) an der KGaA und ist Alleingesellschafter der zur Geschäftsführung berechtigten und voll haftenden Komplementärin, der 1. FC Köln Verwaltungs- GmbH.